李成栋的第九军是顺军的精锐集团军，不仅骑兵众多，还拥有大量火器。枢密院制定荆襄和平川两大战役部署时，为了加强入川顺军的攻坚力量，奏请炮军提督洪宝率炮一镇前往四川助战，又从第十一军及陕西驻军拼凑了一百余门火增强第九军。

第九军是五月十三日由西安南下汉中，十七日自汉中关进入保宁府境。此前保宁、顺庆二府已被刘文秀部攻占，并缴获明军船只两百余艘。

李成栋为加快行军，一面亲领步骑主力经顺庆向重庆进军，另一面令其子李元胤率炮队经嘉陵江水运赶往重庆。

炮军提督洪宝带领的炮一镇及陕西部分驻防兵一万四千余人于十七日方才经由西安出发，比第九军慢了几天。

李成栋部抵达顺庆渠县一带时，派部将胡茂桢率兵丁六千突然北上达州，又与万县、梁山一带的摇黄土贼联络，将夔州境内的明军二谭部、巫山一带的明军刘体仁、胡道明等部锁死，从而确保夔州境内及重庆北部的明军力量无法再对围攻重庆的顺军构成威胁。

大顺甘陕总督孟乔芳、陕西巡抚张国柱也加大对夔州二谭兄弟的劝降力度，本来就畏惧于顺军锋茫的二谭兄弟在被扈九思袭击后实力大损，又闻李孝、杨展等皆败于顺军，遂在五月二十二日接受甘陕总督孟乔芳的条件易帜降顺。

二谭的的叛变让巫山同奉节一带的明军刘体仁、胡道明二部成了孤军，但刘、胡二将并没有同二谭一样降顺，仍是在夔东地区坚持抗顺。只是二部兵马有限，夔东地区又极其贫瘠，固二将纵是不愿降顺，对整个四川战局也起不到多大作用。

盘踞在梁山一带的副将姚玉麟害怕被二谭袭击，不得不经忠县退入石柱，得到了秦良玉的支应。

李成栋原意驱使二谭并派精兵进入石柱一举围剿姚玉麟，并占据石柱从而夺取重庆北部重镇涪陵，但随军的前大西右丞相、现为大顺西南招抚使的严锡命，却说皇帝曾派人前往石柱以封侯为条件劝降过秦良玉，且对秦良玉十分推崇，说愿我中国女人人人都学秦良玉，故对秦良玉当以抚为主，不到最后不要轻易对石柱动兵。

李成栋听罢遂息了进军石砫之心，改自长寿攻打涪陵。严锡命也以大顺西南招抚使的身份派人再次前往石砫劝降。

接到严锡命的劝降书信后，七十三岁的老将秦良玉召集族人对他们说道：“我兄弟二人都战死沙场，我一介妇人受国恩二十年，如今国家到了这种地步，老妇我仍与贼不共戴天！”

秦良玉有心带兵救援重庆，可石砫兵这二十年来不是在辽东与东奴大战，就是在关内与流贼血战，自身损失及大，可以说石砫几乎是家家带孝。

秦良玉的两个哥哥秦邦屏、秦邦翰都在浑河之役战死，弟弟秦民屏也于奢安之役殉国，儿子马祥麟战死于襄阳，儿媳张凤仪战死于侯家庄。

崇祯十六年西军进犯夔州时，秦良玉率残余石砫军迎战，结果寡不敌众被西军击败，此役让石砫成年男子丧失大半，故如今就算秦良玉有心与大顺死战，石砫能用之兵也不过两三千人。

当初四川巡抚马乾没有同意秦良玉参加北援重庆之役，除了考虑秦良玉年事已高，就是石砫那边实是无兵可用。

因此，即便秦良玉宁死也不愿降顺，她也只能分兵守卫石砫境，无法对正围攻重庆的顺军构成威胁。

六月一日，李成栋的第九军攻克涪陵，此役作为前锋的二谭兄弟出力甚大。

七日，第九军水陆两路齐聚重庆城下，稍作休整后，第九军接替围攻重庆两个多月的第十二军开始攻城。

十三日，洪宝指挥的炮军经嘉陵江乘船抵达重庆，至此，重庆城外的顺军兵力多达七万余人，大小火炮六百余门。

在实地堪察过重庆地形后，炮军提督洪宝亲自部署炮击，集中重型火炮48门、中型火炮200余门猛击曾被炸塌过的重庆通远门。

炮击持续整整两日，间歇还使用抛机大量投掷爆炸威力惊人的闯王包，使得通远门上的明军一度不得不全员撤下城墙。